Ορισμένες λένε ότι αυτό έγινε επί εποχής της ηγεμονίας του Κωνσταντίνου Δ΄ (7ος αιώνας), άλλες θέλουν το μοναστήρι να κτίστηκε αργότερα επί των ημερών του Κωνσταντίνου Θ΄ του αποκαλούμενου και Μονομάχου (1042 – 1055), και κάποιες που αναφέρουν ως χρονολογία κτίσης του το 1064 ή το 1068, στη νότια πλευρά δε σώζεται επιγραφή, η οποία φέρει τη χρονολογία 1585 ενώ οι τοιχογραφίες της χρονολογούνται από το 1599.
 |
| Ο Παντοκράτορας στο τρούλο |
 |
| Η είσοδος στον νάρθηκα του Καθολικού |
Έτσι επειδή η εικόνα «μακράν είλξε», λέγεται ότι προήλθε και η ονομασία της Μονής Μακαραλέξη (πηγή: Β. Τσιακμάκης «1200 χιλιόμετρα με τα πόδια» εκδ. Νέα Σύνορα).
Μια δεύτερη διαφορετική εκδοχή θέλει την ονομασία της η Μονή να την οφείλει σε κάποιον πιθανό κτίστη της που ονομαζόταν Αλέξης ή Μακραλέξης.
Το 1568 η Μονή καταστράφηκε από πυρκαγιά για να ανακαινιστεί λίγα χρόνια αργότερα το 1585 ενώ στην ακμή του φιλοξενούσε περίπου 70 μοναχούς και διέθετε 20 κελιά και αρκετούς αποθηκευτικούς χώρους.
Στους χώρους της Μονής, τα δύσκολα εκείνα χρόνια της Οθωμανικής κυριαρχίας βρήκανε καταφύγιο οι κλέφτες και αργότερα, την περίοδο της Γερμανικής κατοχής, έγινε και ορμητήριο κάποιων Ελασσιτών ανταρτών.
Η μονή είχε στην κατοχή της πολλά ιερά κειμήλια τα οποία χάθηκαν και όπως χαρακτηριστικά γράφει και ο Γ. Οικονόμου στην «Ηπειρωτική Εστία» το 1952: «Πλούσια μονή με σχολείον. Την ελήστευσαν ατυχώς, της αφήρεσαν πολύτιμον Ευαγγέλιον, επιτάφιον και χρυσό αδαμαντοκόλλητον Αγιον Ποτήριον, που είχε η μονή αυτή του μακαρίου Αλεξίου».
 |
| Το τέμπλο της Μονής |
Δυστυχώς δεν συνέβη το ίδιο με τους εξωτερικούς χώρους της Μονής, που με τη πάροδο των χρόνων έχουν καταστραφεί.
Ίσως η εξέλιξη αυτή να είναι και μια δικαίωση του Κοσμά του Αιτωλού, που όπως γράφει στο βιβλίο του ο Βασίλης Τσιακμάκης, όταν ο Πατροκοσμάς επισκέφτηκε τη Μονή στα χρόνια της ακμής της, προφήτεψε πως θα έρθουν χρόνια δύσκολα και από το μοναστήρι λίγα πράγματα πλέον θα έχουν απομείνει.
Η Μονή γιορτάζει στις 15 Αυγούστου όπου παλαιότερα γινότανε μεγαλοπρεπές πανηγύρι και από τα πλέον γνωστά στην Ήπειρο, χαρακτηριστικό δέ είναι το απόσπασμα απο το βιβλίο του Δημήτρη Σαφίκου, “Εκεί ψηλά στη Μουργκάνα” :
“Την 15ην Αυγούστου εγένετο η ετήσια πανήγυρις εν τη Ιερά Μονή Μακραλέξη. Εις την πανήγυριν ταύτην έλαβον μέρος άπαντες οι κάτοικοι των χωρίων Αγιαμαρίνης, Κάτω Λάβδανης, Λίστας και Κουρεμαδίου. Η Θεία Λειτουργία ετελέσθη παρά του αιδεσιμοτάτου Παπαθεοφάνη και Θεοδώρου Δρίτσου. Μετά την Θείαν Λειτουργίαν ετελέσθη αγιασμός εις τον ειδικόν χώρον κάτωθι του γηραιού πλατάνου, που οι εκτεταμένοι κλώνοι του εσκίαζαν άπαν το εκκλησίασμα. Μετά ταύτα επηκολούθησε χορός και τραγούδια Δεροπολίτικα, που η ατμόσφαιρα εδονείτο από τους καλλίφωνους Δημήτριον Τσακίρην, Κων/νον Ξιούραν και λοιπούς. Το γεύμα των προσκυνητών εγένετο, πλαισιωμένον κάτωθεν βαθύσκιων δέντρων, πέριξ της περιφήμου βρύσης που το κρυσταλλένιο της νερό πηγάζει από τα σπλάχνα της Μουργκάνας. Το γλέντι έληξε τας απογευματινάς ώρας και οι προσκυνηταί απεχώρησαν ευχαριστημένοι, διότι ευρέθησαν προς στιγμήν εις ένα ιστορικόν τόπον που οι πρόγονοί των είχαν διαδραματίσει τα μεγαλύτερα κατορθώματα από εθνικής και κοινωνικής απόψεως”.
